Shorinji-ryu a été créé en 1954 par Jyoen Nakazato (1922 -), qui a pratiqué sous Chotoku Kyan (1870-1945), le maître du style Shuri-te.
Chotoku Kyan reçu l'enseignement de Sokon Matsumura et d'autres personnes sur sept kata différents Seisan, katas naifanchi, Wanshu, Passai, Gojushiho, Chinto et Kusanku, en plus de Tokumine no jutsu Kon en Bo. Il pris le principe de ne jamais changer les kata tout au long de sa vie. Basé sur des idées et la phylosophie de Chotoku Kyan,  Jyoen Nakazato créa le Shorin-ji avec l'idée d'un retour aux origines dans tous les aspects, comme une réaction au karate moderne où les kata changent les un après les autres.